Die Ebenen werden immer zufällig generiert. Du kannst also im Altar der Erde auf der 3.Ebene mal in der Wüste, mal in einer Höhle landen. Da hat man leider keinen Einfluss drauf. Auch auf die Anzahl der Schatztruhen nicht. Die Bonusdungeons sind eigentlich sowieso nur dazu da, seinen Monsterkatalog zu vervollständigen und an ein paar seltene Waffen/Rüstungen/Items ranzukommen, sonst gibts da nichts weltbewegend Neues.
Altar der Erde hat 5 Ebenen, die Feuergruft 10 Ebenen, die Höhle der Genese 20 Ebenen und die Windflüsterhöhle 40 Ebenen.
EDIT: In der Wüste musst du dich an den Palmen orientieren, die meistens in einer Dreiergruppe stehen und eine Art "Pfeil" bilden. Du musst immer in Richtung des Pfeils laufen, dann findest du den Ausgang.