Ich glaube nicht, dass Naruto darauf ausgelegt war, realitätsnahe Ninjas darzustellen. Ninja klingt aber immer noch besser als Kämpfer oder irgendwas allgemeines, von daher find ichs in Ordnung wenn von Ninjas die Rede ist.
Vielleicht ist es auch eher daran angelegt, dass viele der Kämpfe auf Taktik und Vorausschauen basieren? Die Ninjas aus Japan waren ja auch nicht einfach nur Krieger, sondern hinterhältige Meuchelmörder usw., sprich sie waren auch mit Taktik am Werk.
Und zu Massenvernichtungswaffen... Welcher Shonen Manga neigt denn nicht dazu, immer stärkere Charas und immer härtere Kämpfe zu zeigen? Ich find's zumindest richtig so. Würde alles immer nur auf einem Niveau stattfinden, würden sich auch nur wieder alle beklagen, dass keine Abwechslung stattfindet.