Also, wenn ich mich nicht irre, reicht es, wenn du die neue Platte passend formatierst, alle Dateien rüberkopierst und anschließend per dd den MBR klonst. Das sollte in etwa so aussehen (ich übernehme aber keine Verantwortung):

Code: 
# Die Hauptplatte liegt in diesem Beispiel unter /dev/sda
# Die USB-Platte liegt unter /dev/sdb

# Achtung, das Kopieren der ersten 512 Byte überschreibt auch die Partitionstabelle!

# Direktes Überspielen des MBR
dd if=/dev/sda of=/dev/sdb bs=512 count=1

# Alternative, falls oberes nicht klappt:
# Backup des MBR in eine Datei auf der USB-Platte (unter /mnt/usbhdd eingehängt)
dd if=/dev/sda of=/mnt/usbhdd/mbr.bin bs=512 count=1
# Dann taucht du die Festplatten und bootest von einer Live-CD
# Dann stellst du den Bootsektor wieder her:
dd if=/mnt/<Festplatte>/mbr.bin of=/dev/sda bs=512 count=1

Alternativ kanst du auch einfach die Dateien kopieren und dann eine Windows-CD einlegen, die Wiederherstellungskonsole starten und per FIXMBR und FIXBOOT den Windows-Bootloader neu auf die Platte schreiben. Auch hier übernehme ich keine Verantwortung, aber es sollte funktionieren.

Behalte auf jeden Fall die alte Festplatte mit intakten Daten, bis du sicher bist, daß alles geklappt hat und alle Daten sauber kopiert wurden.