Zum Thema Domains und Subdomains: Was du suchst sind VirtualHosts, oder auch nur vHosts. Such einfach mal nach "Apache vhost" und dur wirst genug finden.

Zum Thema FTP: Laut proftpd Documentation müsste der User automatisch auf das Root Verzeichnis ge-chroot-ed werdet. kA was da kaputt ist o.o (du könntest mir ne Shell geben... )