Geht das nicht ganz simpel mit Audacity? Also wenn ich dich richtig verstanden hab. Du nimmst einfach die Erste Gitarre auf der einen Spur auf und erstellst dann eine neue Spur, auf der du dann die Zweite aufnimmst. Und wenn mich nicht alles täuscht, hörst du bei Aufnahmen soweiso die anderen Spuren auch.
Oder eben GarageBand (Apple), was ich persönlich ja am Besten find.