Ändern würde ich eigentlich recht wenig, eher aus allen möglichen FFs das für mich Beste zusammenwürfeln.
Also, den spielerisch größten Schritt hat für mich FF12 ja schonmal getan, das Kampf- und Erkundungssystem kann von mir aus beibehalten werden, wenn man nur einige Detailänderungen vornimmt:

-Mehr als nur ein Highlevelzauber auf dem Bildschirm
-Damagecap ausschalten
-Flottere Menüführung im Kampf, vielleicht durch belegbare Hotkeys ala Kingdom Hearts 2.
-Übergangslose Welt- und Dungeonerkundung (in etwa so wie in World of Warcraft)

Als Skillsystem wünsche ich mir ein komplexes Jobsystem, ungefähr so wie im Ur-Final Fantasy Tactics mit Jobpoints, massig Skills, welche dann teils auch auf andere übertragbar sind.

Storymäßig würde ich mir schon etwas ähnliches wie FF12 wünschen, nur mit etwas deutlicherer Charakterzeichnung, mehr emotionalen Momenten aber gleichbleibend hochwertigen Dialogen.

Grafisch "sollte" es vielleicht endlich mal möglich sein, dass jedes Ausrüstungsteil am Charakter zu sehen ist und sich auch dem jeweiligen Job designtechnisch anpasst. ^^

Spielbare Charakteranzahl mal wieder im zweistelligen Bereich wäre auch ganz nett.
Und NATÜRLICH einen etwas sympathischeren Hauptcharakter als Tidus, aber das dürfte nicht allzu schwer sein.