Codec ist nur eine Abkürzung für Coder/Decoder
"Format" ist völlig richtig.
Und wo liegt nun dein Problem mit Adobe Media Encoder
MPEG2 = normales MPEG2 Video
MPEG2 DVD = ein MPEG2 Video, was der DVD Norm entspricht
MPEG2 Blu-Ray = ein MPEG2 Video, was der Blu-Ray Norm entspricht
H.264 = ein normales H.264 Video
H.264 DVD = ein H.264 Video, was der HD-DVD (?) Norm entspricht
Flash Video = ein Videoformat, was z.B. auch YouTube benutzt
Quicktime = Das Apple Video Format

Ich hab mit Media Encoder noch nicht gearbeitet, aber ich denk mal nicht, dass es schlecht ist. Eher liegt es wohl darin, dass du nicht besonders viel Ahnung hast, was Videobearbeitung angeht.
Der Media Encoder dient ja eigentlich für das finale Encoden, also wenn das Video fertig ist und du es auf DVD/Whatever brennen willst.
Verlustfreie Formate verwendet man eigentlich nur, wenn man das Video weiterbearbeiten will. Also, wenn man das Video erst mit Programm A bearbeitet und später es dann in Programm B weiterbearbeiten will.