Theoretisch bleibt alles in dem Haus, was in den master-files (esm's + esp's) gefunden wird. Also wenn du einen "Thor's Hammer" aus Mod xyz im Haus haben solltest und Mod xyz ist nach der Neu-Installation nicht mehr aktiv, dann ist er weg.

Warum willst/musst du das machen?

Wenn man Mods durchgespielt hat, kann man sie sauber deaktivieren, indem man vorher alle items, body parts, spells, etc. in eine Art Sammel-ESP kopiert (damit sie nicht verloren gehen).