Die *.esp muss man ja nur mitladen, damit man im CS nicht mit Fehlermeldungen (Fehlendes Mesh, ersetzt mit Error_Marker.nif) zugeschüttet wird, wenn man SI-Inhalte lädt (z.B. eine Zelle).
Und eigentlich reicht es in der *.esp SI-Inhalte zu verändern, dann gibt es nähmlich einen CTD beim Starten des Spiels, wenn man kein SI hat.
Falls das nicht ausreicht kann man die Abhängigkeit zu der DLCShiveringIsles.esp auch mit Wrye Bash herstellen.
Edit: Hab's grad getestet, die DLCShiveringIsles.esp mitzuladen hilft nicht, damit das CS die Meshes/Texturen mitladen kann. Dazu muss man die *.bsa-Archive entpacken.
Also einfaches aktivieren der *.esm reicht im CS aus, um auf die Inhalte von SI zugreifen zu können, die Abhängigkeit zu der DLCShiveringIsles.esp kann man dann nachträglich mit Wrye Bash herstellen (muss nach jedem Speichern im CS neu gemacht werden).