Also zwischen "Selten" und "Rar" muss man differenzieren:

Wenns nur nach der Auflage geht, müssten immer die Pal-Games am seltensten sein, da die ja zahlenmässig immer am wenigste Stückzahlen hatten.

Aber wie wir ja alle wissen sind Pal-Games in den einschlägigen Sammlerkreisen so beliebt wie die Pest, Pal-Anpassung, S/W Anleitung usw. ihr wisst ja was ich meine...

Sinnvoller ist es nach Regionen zu unterscheiden:

In Japan sind eigentlich nur die Erstauflagen und die Limited Editions selten, meist wird ein RPG zigmal als BEST-version neu aufgelegt.
Das einzige japanische RPG das mir spontan einfällt ist SMT3-Nocturne MANIAX, die japanische variante der WEST-version, die wurde nur in kleiner Stückzahl gefertigt und war schnell vergriffen.

In den USA waren die Atlus-PS1 Games selten, aber durch diese komische Firma (name vergessen) wurden eigentlich alle seltenen Teile neu aufgelegt, und sind durch nichts mit den Erstauflagen zu unterscheiden, weshalb die Preise in den Keller gefallen sind.
Als einzig seltenes US-Game würde ich Valkyrie Profile bezeichnen, technisch besser als der PSP-Port, mit AnimeIntro, und sehr kleiner Stückzahl.

Bei PAL-Games kenn ich mich nicht aus, aber ich würde Symphonie of the Night als selten bezeichnen, allein wegen dem besseren Cover zehnmal besser als die Augenkrebsverursachende US-version, trotz Pal-Balken.

Bis auf wenige Ausnahme wie zum Beispiel Tingle DS (falls keine US kommt ein absoluter Sammlertip) wird man für ein PAL-Game eigentlich nie so viel kriegen wie für einen Import, wer RPGs sammelt ist Pal-geschädigt, und sammelt eigentlich ausnahmslos US/Jp