Die Meldung gibt er dir wahrscheinlich aufgrund des Systemdateischutzes aus. Der Patcher ersetzt die uxtheme.dll, also eine Systemdatei. Der Dateischutz bekommt das mit und stellt einfach das Original wieder her.
Mich wundert allerdings, dass er nicht einfach den Schutz deaktiviert, wie er es bei mir getan hat. Ich hatte allerdings auch nicht die Setup-Dateien auf der Festplatte.
Wenn du ne Windows-CD hast - wovon ich ausgehe - kannst den Ordner eigentlich killen...