Du musst natürlich das verschlüsselte Passwort in die Datei schreiben aber das unverschlüsselte eingeben. Das Problem dürfte sein, dass du als Pfad für die htusers Datei den absoluten Pfad eingeben musst. Das sieht dann z.B. irgendwie so aus: /var/www/confixx/web1/downloads/.htusers (zumindest wenn der Server *nix ist)
Ich zumindest habe jetzt aber immer noch nicht verstanden, ob du eigentlich auf einem Server operierst, oder lokal.