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Der Nexus mod manager managed die Mods für dich. Wenn du sowieso alles per Hand machst, versteh ich dein Problem nicht?

Es ist doch vollkommen egal in welchem Format das im Hintergrund verwaltet...

Falls du dir Skyrim Mods von der Nexus Seite besorgst, ist es absolut notwendig. Du kannst auch alles über den Steam Workshop regeln, geht auch.
Würde dir aber nicht empfehlen, die beiden Systeme...

Das hier:
http://skyrim.nexusmods.com/mods/modmanager/