Anfang des Spiels:
Die Geschichte beginnt mit Jowy Stediio der aus einem unruhigen Schlaf aufwacht. Er befindet sich auf einer Lichtung in den „Bergen“, nahe seinem Heimatdorf „Tronak“. Was Ihn so beunruhigte weiß er nicht mehr. Er macht sich schließlich auf den Weg in sein Dorf und als er an seinem Haus ankommt, trifft er auf einen Guhl. Dieser versucht zunächst in zu attackieren hält aber jedoch inne als Jowy sein Schwert zückt und ergreift schließlich die Flucht. Nach der seltsamen Begegnung entschließt sich Jowy etwas schlaf zu bekommen. Am nächsten Morgen trifft er auf Sue (Sulia Mascasi ). Sie ist eine ältere Dame die es aber immer noch Faustdick hinter den Ohren hat und sich nichts aufgrund ihres Alters sagen lässt. Sie eine ehemalige Abenteuerin und ist viel rumgekommen. Auf Ihren Reisen hat sie jede Menge Bücher gesammelt die sie in ihrem Haus aufbewahrt. So ist Ihr Haus sozusagen die Bibliothek des Dorfes. Jowy und Sue essen immer zusammen und haben ein sehr enges Verhältnis zu einander (nene nicht so ne Art Verhältnis). Da er aber unentwegt an die Begegnung mit dem Guhl denken muss, fragt er Sue nach einem Buch, dass ihm weiter helfen könnte, mehr über dieses seltsame Verhalten zu erfahren (ohne ihr zu erzählen was vorgefallen ist, denn das würde unnötige Panik hervorrufen).
Sue gibt Ihm schließlich ein Buch, welches seine Neugierde stillen dürfte. Tief in dem Buch versunken ist er unterwegs zu seinem Lieblingsplatz in den "Bergen". Auf dem Weg dorthin hört er plötzlich das Lachen eines Kindes und sieht eine Bewegung im Gestrüpp. Da die Gegend aber nicht ungefährlich ist (und er ja nun mal der Held der Geschichte ist) versucht er den Jungen „einzufangen“ und trifft schließlich auf eine ohnmächtige junge Frau die von einer Harpyie angegriffen wurde. Wie es zu so einer Geschichte gehört, versucht Jowy natürlich, diese Harpyie zu besiegen oder immerhin in die Flucht zu schlagen. Er hat aber keine Chance gegen das Wesen und verliert nach vielen Treffern schließlich das Bewusstsein. Stunden später erwacht er im Schnee. Er ist aber immer noch in den Bergen bei der ohnmächtigen Frau. Da er nicht weiß wo die Harpyie ist und was überhaupt passiert ist, schleppt er sich und das Mädel in Sicherheit (zu seinem Lieblingsplatz, da es nun dunkel wird). Am nächsten Morgen erwacht sie und es stellt sich heraus, dass es eine ehemalige Freundin aus der Nachbarschaft namens Elly Feiring ist. Zusammen gehen sie schließlich in das Dorf zurück und verbringen dort einige Tage. Auf die Frage warum sie damals gegangen ist, reagiert sie sehr verschlossen und sagt nichts. Außerdem bittet sie Jowy vorerst niemandem zu erzählen dass sie Elly von Tronak ist. Innerhalb der paar Tage die sie da ist, geschehen merkwürdige Dinge, das Auffälligste jedoch ist, dass die Bewohner aggressiv werden und sich gegenseitig anpöbeln bis zu dem schicksalhaften Tag kommt der alles verändern sollte.
In den Tagen vorher lernt man Miresia Renet kennen. Sie ist ein zwölf jähriges Mädchen, die an diesem Tag endlich 13 wird (in dieser Geschichte ist 13 das Alter in dem Mädchen zu Frauen „werden“ (nenene auch hier ist es nicht schmutzig, ihr sau Kerle!)). An diesem Tag ist Miresia im Wald um eine Dem‘treiel Blume für Ihre Feier zu pflücken. es ist ein Brauch und gilt als gutes Omen eine derartige Blume zum 13. Geburtstag zu pflücken. Dementsprechend bringt es Unglück sollte man keine haben. Als sie zurück kehrt, schlagen sich die Menschen im Dorf gegenseitig brutal nieder. Miresia packt die Angst es sei Ihre schuld da sie keine Dem’treiel gefunden hatte (ganz schön naiv, ne?). Nach einem Handgemenge mit einem Nachbars jungen, läuft Miresia zu ihrem Haus. Doch dort angekommen muss sie feststellen, dass auch ihre Mutter nicht mehr normal ist und wäre von ihr erwürgt worden, wenn Sue sie nicht mit einem herzhaften schlag mit einer Bratpfanne gerettet hätte. Sie versuchen durch das Fenster zu flüchten, da ein weiterer „Durchgedrehter“, der ein Freund von Jowy ist und Enmil Caitubal heißt, gegen die Tür hämmert (man trifft schon früher auf Ihn und erkennt die enge Freundschaft zwischen Ihm und Jowy). Als Sue gerade aus dem Fenster heraus springt, packt er sie an den Haaren und versucht sie wieder ins Haus zu ziehen. Miresia voller Angst schafft es sich mit aller Mühe zu bewegen und rettet Sue in dem sie einen Holzscheit auf Enmil wirft. Zusammen müssen sie schließlich zur Brücke am Wasserfall flüchten, da alle anderen Wege versperrt sind. Dort angekommen stellen sie aber fest, dass die Hängebrücke zerstört wurde. In dem Moment taucht Enmil auf und nach einem kurzen Handgemenge schlägt er Sue nieder um sich schließlich über Miresia herzumachen.
Im Dorf wird einer nach dem anderen zu Boden geschlagen. Als Jowy und Elly im Dorf ankommen (sie waren außerhalb um ein paar Erinnerungen aus der Kindheit „wieder hervorzurufen“) werden sie von einer Meute in die Enge getrieben. Da die beiden natürlich nicht gegen Jowy’s Freunde und Nachbarn kämpfen wollen, flüchten sie ebenfalls zu dem Wasserfall (uiii wie dramatisch). Dort treffen sie aber auf Enmil der versucht, das Leben von Miresia in den letzten Momenten so grauenhaft wie möglich zu gestalten. Es kommt zum Streit an dessen Ende Enmil die beiden (Jowy und Elly) von dem Felsvorsprung stößt und sich anschließend auf Miresia. Bevor er aber jedoch etwas machen kann wird er von Sue, die unbemerkt von ihm wieder zu Bewusstsein kam, mit einem Stein niedergeschlagen. Zusammen flüchten sie schließlich aus Tronak.
EDIT (da es noch interessant wäre es zu schreiben): Wie durch ein Wunder überleben Jowy und Elly (was denn sonst?). Es stellt sich nun heraus, dass Elly eine Magierin ist. Der unversehrte Sturz wird dadurch erklärt, dass Elly ja Feuermagierin ist und instinktiv das Wasser so erhitzt hat, sodass der dadurch entstandene Druck des Wasserdampfes ihren Sturz gebremst haben muss. Jowy gibt ihr schließlich indirekt die Schuld für das Schicksal Tronaks. In dem folgenden Streit erklärt Elly ihm den Grund, weshalb sie damals wegging. Ihre Mutter hatte als Elly noch klein war einen Unfall am Herd. Ihre Schürze ist in den Ofen gekommen und sie wäre beinahe verbrannt, wenn Elly mittels der Magie, die Flammen nicht gelöscht hätte. Die Reaktion der Mutter war aber keine dankbarkeit, sondern Abscheu und Angst etc. so wurde sie weg geschickt. Jowy weiß nun nicht mehr was er glauben soll. War es nur ein Unfall oder hat Elly alles geplant und was hat sie dann sonst vor. Kann er ihr Vertrauen obwohl sie der Grund ist warum sein Leben nun in einem Scherbenhaufen liegt?
Es nützt aber nichts sich weiter zu streiten und sie einigen sich darauf nach einem Heilmittel für diese Krankheit zu finden. Nach eifrigen überlegen, entscheiden sie sich zu der großen Bibliothek in „Alexandria“ zu gehen. Dort könnte es wenigstens einen Anhaltspunkt geben. Doch die Reise ist lang und Jowy entscheidet sich Elly genau im Auge zu behalten. Es sind zu viele Zufälle und zu viele Fragen offen um dieser jungen Frau blind zu Vertrauen.